Francisco de Jasu y Xavier nasceu no castelo de Xavier, em Espanha, no ano de 1506. Correspondendo às expectativas dos nobres pais, laureou-se na prestigiosa universidade parisiense. Durante alguns anos, teve a felicidade de conviver, participando até do mesmo quarto de pensão, com Pedro Favre, o qual como ele se tornará jesuíta e será beatificado e com outro estudante meio esquisito, já bastante velho para se sentar nos bancos escolares: Inácio de Loyola.
Inácio tinha descoberto aquela alma: "Um coração tão grande e uma alma tão nobre – disse-lhe – não se satisfazem com efémeras honras terrenas. A sua ambição deve ser a glória que dura para sempre".
Um dia, Inácio disse-lhe: “Francisco, de que aproveita ganhar o mundo inteiro, se vens a perder a tua alma?”
No dia da Assunção de 1534, na cripta da igreja de Montmartre, Francisco Xavier, Inácio de Loyola e outros cinco companheiros consagraram-se a Deus fazendo voto de absoluta pobreza e decidiram ir à Terra Santa para de lá iniciarem a sua obra missionária, colocando-se para tudo sob a inteira disposição do Papa. Ordenados presbíteros, em Veneza, e afastada a perspectiva da Terra Santa, tomaram o caminho de Roma, onde Francisco colaborou com Inácio na relação das Constituições da Companhia de Jesus. Aos trinta e cinco anos teve início a grande aventura para o Francisco.
A convite do rei de Portugal, foi escolhido como missionário e legado pontifício para as colónias portuguesas nas Índias Orientais. Goa foi o centro da sua muito intensa actividade missionária que se irradiou por uma área tão vasta que seria excepcional até com os actuais meios de comunicação: em dez anos percorreu a Índia, Malaca, as Molucas e algumas ilhas ainda no estado selvagem: "Se não encontrar um barco, irei a nado" – dizia Francisco, e acrescentava: "Se naquelas ilhas existissem minas de ouro, os cristãos lá se precipitariam. Mas não existem senão almas para serem salvas." E decidiu ir.
Após quatro anos de actividade missionária nessas ilhas, embarcou para o Japão, onde no meio de imensas dificuldades, estabeleceu o primeiro núcleo de cristãos.
O seu zelo não conhecia descanso: do Japão já olhava para a China. Retornou ao mar, tendo aportado em Singapura e dali deslocou-se a 150 Kms de Cantão, o grande porto chinês. Na ilha de Sanchão, aguardando uma embarcação que o levasse à China, caiu gravemente enfermo. Com ele estava um jovem chinês que o guiava. Morreu à beira-mar a 3 de Dezembro de 1552, aos 46 anos de idade, na ilha de Sanchoão, próxima de Macau.
Foi um missionário cristão do padroado português e apóstolo navarro. Pioneiro e co-fundador da Companhia de Jesus, a Igreja Católica Romana considera que tenha convertido mais pessoas ao Cristianismo do que qualquer outro missionário desde São Paulo, merecendo o epíteto de "Apóstolo do Oriente". Administrou o baptismo a mais de trinta mil convertidos.
É o padroeiro dos missionários e também um dos padroeiros da Diocese de Macau.